Nueva York está ubicada en el noreste de Estados Unidos, en el sureste del estado de Nueva York y a mitad de camino aproximadamente entre Washington D.C. y Boston. Su ubicación en la boca del río Hudson, que forma un puerto naturalmente protegido y desemboca en el océano Atlántico, ha ayudado al crecimiento de la ciudad y a su importancia como ciudad comercial. La mayor parte de Nueva York está construida sobre tres islas: Manhattan, Staten Island y Long Island, haciendo que el terreno edificable sea escaso y generando así una alta densidad de población.

El río Hudson fluye a través del valle homónimo hasta la bahía de Nueva York. Entre Nueva York y la ciudad de Troy, el río se convierte en un estuario. El Hudson separa la ciudad de Nueva Jersey. El río Este (East River) fluye desde el estrecho de Long Island y separa Bronx y Manhattan de Long Island. El río Harlem, entre los ríos Este y Hudson, separa Manhattan de Bronx.

El terreno de la ciudad ha sido alterado considerablemente por la intervención humana, varios terrenos han sido ganados a los ríos desde los tiempos coloniales neerlandeses. Esto es más notable en el sur de Manhattan, donde se llevaron a cabo planificaciones como Battery Park City en los años 1970 y 1980.25 Algunas de las variaciones en la topografía han sido niveladas, particularmente en Manhattan.
El área de la ciudad es de 831,4 km². El punto más alto de la ciudad es la colina Todt en Staten Island (124,9 metros sobre el nivel del mar). La cima está cubierta por bosques, puesto que es parte del cinturón verde de Staten Island.

Clima

A pesar de estar ubicada en la misma latitud que las ciudades europeas de Nápoles y Madrid, mucho más cálidas, Nueva York tiene un clima húmedo continental, resultado de los constantes vientos que traen aire frío desde el interior del continente americano. Nueva York tiene inviernos fríos, pero la ubicación costera de la ciudad mantiene las temperaturas un poco más cálidas que en las regiones interiores, ayudando a moderar la cantidad de nieve, cuya media es de 63,5 a 88,9 cm al año. La ciudad tiene un período templado que dura un promedio de 199 días entre las heladas estacionales. La primavera y el otoño son erráticos, y pueden variar desde frío y nevado a cálido y húmedo. El verano es templado y húmedo, con temperaturas de 30°C o más en un promedio entre 18 y 25 días cada verano.

Teniendo en cuenta que en no ser frecuentes, en Nueva York hay registros de huracanes, como el ocurrido en 1981 que inundó el sur de Manhattan, y el de 1938 que mató a más de 700 personas, la mayoría de ellas en la región de Nueva Inglaterra. Los patrones climáticos a largo plazo de la ciudad han sido causados por la Oscilación Multi-Decadal Atlántica, un ciclo de calentamiento y enfriamiento de 70 años de duración que influye en la frecuencia y severidad de huracanes y tormentas costeras en la región. Sin embargo, los científicos creen que el calentamiento global cambiará estos patrones.